克拉克进入大都会大学，却发现自己要对抗的不是陨石怪，而是平行宇宙入侵。
第五季开头，克拉克终于离开小镇进入大都会大学，与拉娜关系进入异地考验。与此同时，莱克斯·卢瑟当选州长，开始公开打压“超能力者”。本季核心反派是来自“镜像地球”的独裁超人——奥特曼，他带着自己的莱昂内尔·卢瑟穿越过来，试图将地球改造成法西斯星球。克拉克必须学会飞行才能与之抗衡，但每次尝试都会引发体内氪石的剧痛。在季终，奥特曼绑架了怀孕的拉娜，克拉克在极度愤怒中终于冲破了心理障碍，首次冲上云霄，却在打斗中引发了跨次元裂缝，导致正义联盟中的闪电侠和蝙蝠侠（年轻版）意外客串。
这一季彻底摆脱了小镇青春剧的束缚，格局打开了政治惊悚与多元宇宙。飞行特效终于不再是“跳得高”，卢瑟父子的对手戏张力十足。结尾的正义联盟彩蛋让老粉尖叫。
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在一个雷电交加的村庄，一名男子的灵魂分裂成两半，分别爱上了不同的人。
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三十万人的意识被上传到一个虚假的“天堂服务器”，一名程序员的意识偶然发现自己能“向下”脱离。
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心理医生在治疗一名声称能看到“蝴蝶预言”的女病人时，发现自己居然是她预言的杀人凶手。
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普通高中生迈尔斯被放射性蜘蛛咬伤后，发现来自六个平行宇宙的蜘蛛侠同时掉进了他的世界。
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一个不相信圣诞的小男孩偷走了水晶，导致北极工厂全部失控，玩具开始攻击精灵。
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落魄女科学家收到了来自全宇宙七个外星种族的求婚，但她的心只属于十年前消失的地球男生。